Antik Akdeniz'in 2000 yıl süren görkemli matematik ve bilim dönemi artık sona erecek ve Ptolemy'nin bu sistemi daha sonra, Kilise'nin kanonlaştırdığı dogmalar arasına girecektir. M.S.415 yılında; ünlü bir öğretmen, matematikçi ve astronom, aynı zamanda İsis rahibesi olan İskenderiyeli Hipatia'nın, halka açık bir din ayini sırasında, öfkeli Hıristiyan keşişleri tarafından kaçırılarak acımasızca öldürülmesi olayı, Karanlık Çağlar'ın ilk habercisi olur. Dönemin ünlü kütüphaneleri birer birer kapatılırken, eski Grek eserleri toplu halde yakılmaya başlanır.

Bundan sonraki parıltılar Doğu'dadır. 628 yılında, Hintli matematikçi ve astronom Brahmagupta, sayılar teorisini incelemeye başlamış ve 'Evrenin Açılışı' ('Brahma-sphuta-siddhanta') başlıklı kitabını yazmıştır. 7. ve 8. yüzyıllarda İslamiyet'in yayılmasıyla birlikte, Arapça güçlü bir yazılı dil haline gelir. Hint eserlerinin yanı sıra, eski Grek eserleri de Arapçaya çevrilerek, yok olmaları önlenir. Oluşan matematik ve astronomi kültürünün zirvesini, Bağdat'taki 'Bilgelik Evi'nde çalışan ve matematiğin cebir dalını geliştiren Al-Horezmi'nin, "Hesab el-cebr w'al-mukabele" başlıklı kitabı oluşturur. 1000 yılına gelindiğinde, Alhazen adındaki Arap asıllı bir fizikçi, optik konusunda 7 ciltlik bir eser yayınlamıştır. Bu gelişmelerden Avrupa, çoğunlukla Endülüs üzerinden haberdar olur. Bath'li Adelard 12. yüzyılda, Öklid ve Horezmi'nin eserlerini Latince'ye çevirerek, Avrupalı düşünürlerin yararına sunmuştur. İngiltere Adaları'ndan gelen bir başka tepki sesi, Avrupa'nın bundan sonraki düşünce hayatını derinden etkileyecektir. Roger Bacon (1214-1294) doğanın sırlarını öğrenmek için, önce gözlemlememiz gerektiğini söyleyerek; doğal yaşamdan toplanan kanıtlardan hareketle kuramların türetilip geliştirilebileceği bir yöntem önermiştir.