Laboratuar
kültürleri üzerinde yapılan karşılaştırmalı ribozomal RNA 16S
alt birimi sekans (dizilim) analizine dayanarak 14 Bakteri alemi
belirlenmiştir. Mikrobiyel habitatlardan
alınan örneklerin araştırılmasıyla da bunların dışında bir miktar
daha alem tanımlanmıştır. Fakat, Bacteria'nın içinde gerçekte
bulunan alem sayısının bundan çok daha fazla, büyük olasılıkla
50'nin üzerinde olduğu düşünülmektedir. Bu da demek oluyor ki,
bizim laboratuar kültürlerinden bildiğimiz bakteriler buzdağının
yalnızca görünen kısmı.
Bacteria
içindeki Spirochetes ve Cyanobacteria gibi bazı dallar daha önceden,
morfoloji, fizyoloji gibi fenotipik
özellikleri göz önünde bulundurularak ayrılmışlar. Fakat diğer
şubelerin çoğunda bulunan türler arasında oldukça fazla fenotipik
farklılıklara rastlanıyor. Proteobacteria buna iyi bir örnek çünkü
bu grup içinde rastlanan fizyolojik özelliklerin toplamı, mikroorganizmalarla
ilgili olarak bilinen tüm fizyolojik özelliklerin neredeyse tamamına
yakındır. Bu yüzden günümüzde bakterilerin sınıflandırılması,
genetik özellikler temel alınarak yapılmaktadır.
Filogenetik
olarak en eski olan bakteri grubu, tamamı hipertermofilik
H2 kemolitotrofları olan
Aquifex cinsini ve akrabalarını içerir. Buna yakın diğer soylar
olan Thermodesulfobacterium, Thermotoga ve yeşil kükürtsüz bakteriler
(Cholorofexus grubu) gibi gruplar da termofilik
türler içerir.
Yeşil
kükürtsüz bakterileri geçtikten sonra sırasıyla radyasyona yüksek
derecede dirençli olan Deinococcus'u içeren deinococci ve akrabalarının,
kendilerine özgü morfolojileriyle
spiroketlerin (Spirochetes), fototrofik
yeşil sülfür bakterilerinin, kemoorganotrofik
Flavobacteria grubunun, tomurcuklanan bakteriler olan ve hücre
duvarında peptidoglikan
bulunmayan Plantomces / Pirella'nın, insanlarda ve diğer hayvanlarda
hastalık yapan ve zorunlu hücre içi parazitler olan Chlamydia'nın
ve morfolojik açıdan yine kendine özgü özellikleri olan Nitrospira'nın
geldiğini görürüz.
Gram
pozitif bakteriler, Cyanobacteria, ve Proteobacteria grupları,
hakkında en çok bilgi sahibi olunan ve oldukça fazla sayıda cins
içeren gruplardır.