Şüphesiz sualtı robotlarının tasarımda karşılaşılan tek sorun yüksek basınç degildir. Nem, deniz suyunun kimyasal yapısından kaynaklanan korozif etki, hareketli parçalar arasında yağlama problemi gibi pek çok konunun tasarım sırasında göz önünde bulundurulması gerekmektedir. Fakat bu tür robotların tasarımında karşılaşılan en büyük sorunlar gezinim(navigation) sisteminin tasarlanması, aracın denetimi ve yörünge planlaması (path planning) gibi konularda yaşanmaktadır.

Ayrıca, Titanik enkazının incelenmesi örneğinde olduğu gibi pek çok sualtı araştırmalarında ve faaliyetlerinde sualtı robotları numune toplamak, onarım yada yapılandırma (inşa) gibi alanlarda kullanmak üzere mekanik kollara ihtiyaç duyarlar. Bu mekanik kolların kontrolü sırasında kara robotlarında karşılaşılmayan yeni sorunlar ortaya çıkmaktadır (McLain T. W., Rock S. M., Lee M. J., 1996).

Bunların dışında, engelden sakınma ve yörünge planlaması gibi problemler aynen kara robotlarında olduğu gibi sualtı robotları içinde çözülmesi gereken sorunlar listesinde yer alırlar.

Bütün bu sorunlar karşısında tasarımcılar çoğu zaman doğadaki çözümleri örnek almışlar ve sualtı canlılarının algılama tekniklerini, davranışlarını yada hareketlerini taklit (biomimetic technology) ederek bu sorunlara çözüm aramışlardır.