3. Phylum (Şube): Microspora

Şubenin tüm elemanları, zorunlu hücre içi parazitleridir. Mitokondrileri bulunmaz ve tek hücreli sporlar meydana getirirler. Böcekler için patojen olan canlıların çoğu, bu şubenin üyeleridir. Hayat evrelerinde hem hücre içi hem de hücre dışı yaşam görülür. Hücre içi eşeyli ve eşeysiz devreler boyunca, konak canlıya zarar verilir. Sonuçta da, çok dayanıklı bir spor hücresi üretilir.

Spor Hücresi

Şubenin iki sınıfı bulunmaktadır:
1. Classis (Sınıf): Rudimicrospora
2. Classis (Sınıf): Microsporea

Nosema apis: Arılarda dizanteri etkenidir.
Encephalitozoon cuniculi: Laboratuar hayvanlarının çoğunda görülen bir parazittir.