2. Phylum (Şube): Apicomplexa

Şubenin neredeyse tüm üyeleri endoparazitiktir. Şubenin ismi, hücrelerin uç kısmında bulunan ve konak canlının vücuduna girişte rol oynayan "apicomplexa" (rhoptry ve mikronem) olarak bilinen yapılardan gelir. Bu canlıların hareket organelleri, sadece bazı hücre arası evrelerde belirgindir. Üreme, uzantı taşımayan sporlar veya oocyst ile gerçekleşir.

Bu şubeye ait en bilinen parazitler:

Toxoplasma gondii: Kedilerin bağırsak dokusunda bulunur. İnsana geçmesi halinde, kısırlık veya düşük nedenidir.	Plasmodium vivax: Sıtma etkenidir.	Plasmodium falciparum: En yaygın kötü huylu malarya (sıtma) etkenidir. 48 saatte bir, sıtma nöbetleri görülür.

Apicomplexa şubesinin sınıfları ve bu sınıfların en iyi bilinen cinsleri şunlardır:

1. Classis (Sınıf): Sporozoa
Subclassis (Alt sınıf): Coccidia (Toxoplasma spp., Plasmodium spp.)
Subclassis (Alt sınıf): Gregarinia (Gregarina spp., Monocystis spp.)

2. Classis (Sınıf): Prioplasmida (Babesia spp.)